一.问题描述

  • 【错误信息】：执行代码DimPlot出现报错 'Error in Ops. data. frame(guide_loc, panel_loc) :'==' only defined for equally-sized data frames。

二.思路流程

  • 回忆一下自己近期有没有升级过Rstudio/R版本

  • 回忆一下最近近期有没有升级过R包,影响比较大的比如: 【Matrix,Seurat】 等

  • 使用搜索引擎搜索一下 'Error in Ops. data. frame(guide_loc, panel_loc) :'==' only defined for equally-sized data frames'

https://github.com/satijalab/seurat/issues/8170

我们同排查下来,大多数都将问题指向了 【ggplot2】这个包,那么初步怀疑就是ggplot2版本问题了。我们通过案例教程将版本降回至3.4.x或者3.5.x。可是依然发现还是不行，那您在检查一下Matrix是不是1.6版本以上建议咱们降到 1.5.4。

三.具体解决

  • 降级降级ggplot2和Matrix包版本,解决问题。

# 进入R然后执行下面代码
R
devtools::install_version("ggplot2", version = "3.4.4")
devtools::install_version("Matrix", version = "1.5.4")

四.解决方案的验证

五.结尾

在我们升级R包时最好谨慎评估，可能潜在的兼容性问题。如果您想升级 Seurat 最好的办法是使用Docker来创建一个独立的环境用于执行旧的代码,或者新的代码。关于docker在生物信息分析中的使用可以看看我之前的介绍。今天的案例就到这了我们下次再见。

如果您不想被环境问题困扰,那就快来试试我们专业的生信云服务器吧。无需安装即可使用Rstudio/Jupyter/docker等环境。

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