R语言依赖包安装最详尽教程（R包安装包教包会）

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一.开篇

不少生信的同学最头痛的就是安装R包了，版本不兼容依赖嵌套安装报错。还有不少同学只会 【install.packages("xxx")】这一种安装方式。导致大家在生物信息这个路上真可谓是如履薄冰。

二.R包安装4种方式（图文）

2.1方式一：最简单

install.packages("xxx")

2.2方式二：BiocManager

BiocManager::install("ChAMP")

使用BiocManager 去安装，但是有时候经常会遇到一些报错怎么办呢？

2.3方式三：利用github来安装我们需要的R包

通常我们点Github进去README的地方是会描述R包如何安装的，但是有些没有怎么办？通用公式remotes::install_github (项目名称/包名称)

# remotes::install_github (项目名称/包名称)
remotes::install_github("Bioconductor/HDF5Array")

2.4方式四：巧用搜索引擎

方式一/二/三 都不能安装成功呢？咱们去找他的源码

打开这个R包的介绍页，咱们往下翻找到【Package Archives】

如果你是windows 直接下载到本地即可，如果你是linux

然后在linux上执行如下命令

wget https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/ChAMP_2.34.0.tar.gz

如果是cran.r-project.org呢？其实大致一样找到R包源码下载下来即可找到【Package source】右键复制，如果你是linux操作与上面一致

下载后如何安装呢？

install.packages("/home/hadoop/ChAMP_2.34.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

三.总结

今天我们学习了R包安装的四种方式 ，这四种方式通常我们可以解决百分之98的R包问题了。最后祝大家生信路上都顺顺利利的，学有所成。

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