一.介绍

各位老师同学朋友们大家好,在学习生信的路上大家有没有遇到过这样的问题呢？就是包版本有严重不兼容的情况，大家是怎么解决的呢? 今天我以Seurat为为例希望能够让大家看完有所收获。这两天在看单细胞测序的文章，也想着进行一波小复现（跑一下作者的代码），但是这些文章的代码是基于 Seurat v4 版本的，而现在默认用的是 v5 版本，有很多的函数是不一样的，于是搞了一个 Seuratv4 与 v5 共存。

二.方法

2.1方法一（安装目录）：

# 先建一个文件夹来存放 v4 版本
mkdir ~/seurat4
# 然后把它添加到 R 的包安装路径里面去：
R
.libPaths(c("~/seurat4", .libPaths()))
# 再往这个文件夹里面装指定的 4.1.1 版本 seurat： 
remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v4.1.1")
# 这个时候加载 seurat 就是 v3 版本的：
library(Seurat)
packageVersion("Seurat")
[1] ‘4.1.5’


#【ERROR: dependencies ‘SeuratObject’ ‘spatstat.core’ 您也需要安装旧版本】如果有报错请自行 gpt一下 或者看一下网站R包安装文章
remotes::install_version("SeuratObject", version = "4.1.1")
remotes::install_version("spatstat.core", version = "v2.3-2")

2.2方式二（Docker）：

使用方式一来做环境的隔离，往往不彻底在来来回回的版本切换中很容易咱们就把环境搞乱了。比方说Seurat5 依赖的包需要升级，而Seurat4因为Seurat5升级了导致跑不起来了。这种情况十分常见。下面我介绍一种更为主流的方式 Docker。

关于这个版本我在过往的文章中有详细介绍过，下面直接上链接大家前往阅读即可：

https://blog.csdn.net/bioRoundTable/article/details/138546904?spm=1001.2014.3001.5501

三.结尾

  • 亲爱的朋友们，今天我们一同深入学习了 R 语言中包依赖版本不兼容的两种解决方式。

  • 我知道，在学习和使用 R 语言的过程中，遇到这样的问题可能会让您感到有些困扰和迷茫。但请相信，这只是前进道路上的一个小挑战，每一次克服困难都是成长的机遇。

  • 无论您是刚刚踏入 R 语言世界的新手，还是已经有一定经验的探索者，遇到包依赖版本不兼容的情况都不用太过焦虑。只要我们掌握了正确的方法，就一定能够顺利跨越这些障碍。

  • 我衷心地希望通过我分享的这篇文章，能像一盏明灯照亮您前行的路，让您在 R 语言的学习之旅中更加顺畅和自信。不要害怕犯错，不要害怕尝试，每一次的努力都会让您离成功更近一步。

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