保姆级conda安装使用教程

一.为什么是conda

conda 是一个流行的开源软件包管理系统和环境管理系统，主要用于科学计算、数据分析和机器学习领域。

二.解决了什么问题

包管理（ Conda 允许用户创建和管理多个独立的环境，每个环境可以有自己的软件包集合和版本，从而使得不同项目之间的依赖关系隔离开来，避免了版本冲突和不一致性的问题。）
环境管理（每个环境可以有自己的软件包集合和版本，从而使得不同项目之间的依赖关系隔离开来，避免了版本冲突和不一致性的问题。）

三.如何安装conda

3.1下载安装脚本

cd ~
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O conda_install.sh

3.2安装

bash conda_install.sh

3.3过程

# 安装之前同意相关协议
回车
q
yes
回车
yes

键盘-回车

键盘-q

键盘-yes

键盘-回车

键盘-yes

3.4更新环境变量+删除无用脚本

#使以上的安装立即生效
source ~/.bashrc

3.5检查是否安装

conda env list

3.6删除无用脚本

# 删除无用的安装包
rm conda_install.sh

四.常用命令

# 创建环境并指定环境中的 Python 版本
conda create --name myenv python=3.8

# 查询conda环境列表 
conda evn list

# 选择切换环境
conda activate myenv

# 安装软件 
conda install numpy

# 安装特定版本软件
conda install numpy=1.19.2

# 更新软件
conda update numpy

# 搜索出软件可用版本
conda search tensorflow

五.如何conda切换源

# 添加中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加清华大学源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加阿里云源
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

# 添加北京外国语大学源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes

# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

# 检查是否正常添加，channel的顺序很重要，添加完上述源后的.condarc 文件内容示例：
cat ~/.condarc

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - bioconda
  - conda-forge
  - r
  - defaults
show_channel_urls: true

# 清除搜索软件源时的本地索引，这样会基于新配置后的软件源生产一份全新的索引
conda clean -i

六.最后

学习生信的小伙伴们快看过来，看看你们是否有以下问题：

环境不会装，身为 Linux 小白是不是从入门就开始抓瞎，甚至直接放弃？专业技术帮助
数据太大，自己的电脑完全跑不动？服务器级别性能支持
【生信圆桌】https://www.tebteb.cc